Das EPA sah sich in jüngerer Vergangenheit einer breiten Kritik ausgesetzt. Diese reichte von der angekündigten Verwendung der finanziellen Mittel über die Qualitätsstandards der Patente, die Behandlung der Mitarbeiter bis hin zu einer mangelnden Unabhängigkeit der Beschwerdekammern (https://suepo.org/ public/ex18052cpd.pdf, S. 4 – 5). So kritisierte eine Gruppe von 924 Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern, dass der beschleunigte Ablauf bei der Prüfung von Patenten zulasten der Qualität ginge. Dies sei die Konsequenz der Anforderungen an die Produktivität der Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des alten Managements. Entsprechend bemängelte auch die Internationale Gewerkschaft im EPA, Staff Union oft he European Patent Office (SUEPO), dass insbesondere ein eingeführtes Punktesystem für die Prüfer zur Massenproduktion von Patenten mit niedriger Qualität anreize.

Daneben kritisierte im vergangenen Jahr der Bundesrechnungshof die Entscheidung des EPA, dass das Vermögen des Amtes einem spekulativen Finanzmanagement zugeführt werden soll (https://www.wiwo.de/politik/europa/rechnung shof-scharfe-kritik-an-finanzgebaren-des-europaeischen-patentamts/2272205 2.html). Dies sei aus Sicht des Rechnungshofs nicht notwendig und gegebenenfalls mit hohen Risiken verbunden. Zudem wird beanstandet, dass durch die Fond-Geschäfte des EPA ein „Schattenhaushalt“ in einer internationalen Behörde mit öffentlichen Geldern geführt werde, welcher nicht vom völkerrechtlichen Gründungsakt der Vertragsstaaten gedeckt sei und demokratische Prinzipien verletze (Petra Sorge, Die unheimliche Wette, WirtschaftsWoche vom 22.06.2018, S. 35). Dies setzt sich in der allgemeinen Kritik an den arbeitsrechtlichen Zuständen und der rechtlichen Kontrolle des EPA fort.

Zudem stand seit längerem die Mitarbeiterpolitik des EPA in der Kritik. Der Presse gegenüber traten Mitarbeiter des EPA in den meisten Fällen anonym auf, eigenen Angaben nach aus Angst vor Sanktionen (Petra Sorge, Die unheimliche Wette, WirtschaftsWoche vom 22.06.2018, S. 36). Daneben sollen die Streikrechte von Mitarbeitern durch interne Regularien beschränkt und gegenüber krankgeschriebenen Mitarbeitern ein Aufenthalt in ihrer Wohnung vorgeschrieben worden sein. Außerdem sollen Maßnahmen gegenüber kritischen Mitarbeitern ergriffen worden sein, wie zum Beispiel Key-Logger. Auch ist die Rede von einer EPA-internen-Ermittlungseinheit für Mitarbeiterangelegenheiten (Petra Sorge, Wo kein Richter…, Cicero vom 03.05.2018). Der ehemalige Richter am Bundesverfassungsgericht, Siegfried Broß, sagt, dass es dort ganz erhebliche Defizite gäbe, was die arbeitsrechtliche Stellung der Bediensteten betreffe. Es gäbe zwar Personalvertretungen, aber die hätten keine konstitutiven Mitwirkungsrechte, sondern könnten nur Empfehlungen abgeben, an die der Präsident nicht gebunden sei

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